iMind: Uma ferramenta inteligente para suporte de compreensão de conteúdo

Usually while reading, content comprehension difficulty affects individual performance. Comprehension difficulties, e. g., could lead to a slow learning process, lower work quality, and inefficient decision-making. This thesis introduces an intelligent tool called “iMind” which uses wearable devices (e.g., smartwatches) to evaluate user comprehension difficulties and engagement levels while reading digital content. Comprehension difficulty can occur when there are not enough mental resources available for mental processing. The mental resource for mental processing is the cognitive load (CL). Fluctuations of CL lead to physiological manifestation of the autonomic nervous system (ANS), which can be measured by wearables, like smartwatches. ANS manifestations are, e. g., an increase in heart rate. With low-cost eye trackers, it is possible to correlate content regions to the measurements of ANS manifestation. In this sense, iMind uses a smartwatch and an eye tracker to identify comprehension difficulty at content regions level (where the user is looking). The tool uses machine learning techniques to classify content regions as difficult or non-difficult based on biometric and non-biometric features. The tool classified regions with a 75% accuracy and 80% f-score with Linear regression (LR). With the classified regions, it will be possible, in the future, to create contextual support for the reader in real-time by, e.g., translating the sentences that induced comprehension difficulty.Normalmente durante a leitura, a dificuldade de compreensão pode afetar o desempenho da leitura. A dificuldade de compreensão pode levar a um processo de aprendizagem mais lento, menor qualidade de trabalho ou uma ineficiente tomada de decisão. Esta tese apresenta uma ferramenta inteligente chamada “iMind” que usa dispositivos vestíveis (por exemplo, smartwatches) para avaliar a dificuldade de compreensão do utilizador durante a leitura de conteúdo digital. A dificuldade de compreensão pode ocorrer quando não há recursos mentais disponíveis suficientes para o processamento mental. O recurso usado para o processamento mental é a carga cognitiva (CL). As flutuações de CL levam a manifestações fisiológicas do sistema nervoso autônomo (ANS), manifestações essas, que pode ser medido por dispositivos vestíveis, como smartwatches. As manifestações do ANS são, por exemplo, um aumento da frequência cardíaca. Com eye trackers de baixo custo, é possível correlacionar manifestação do ANS com regiões do texto, por exemplo. Neste sentido, a ferramenta iMind utiliza um smartwatch e um eye tracker para identificar dificuldades de compreensão em regiões de conteúdo (para onde o utilizador está a olhar). Adicionalmente a ferramenta usa técnicas de machine learning para classificar regiões de conteúdo como difíceis ou não difíceis com base em features biométricos e não biométricos. A ferramenta classificou regiões com uma precisão de 75% e f-score de 80% usando regressão linear (LR). Com a classificação das regiões em tempo real, será possível, no futuro, criar suporte contextual para o leitor em tempo real onde, por exemplo, as frases que induzem dificuldade de compreensão são traduzidas

Retinoic acid: a key regulator of vertebrate embryonic development

Tese de mestrado em Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2015O ácido retinóico é uma molécula sinalizadora, sintetizada a partir da vitamina A, necessária para o correto desenvolvimento embrionário dos vertebrados, uma vez que regula a transcrição de genes essenciais durante vários processos da embriogénese. A relação entre a sua produção e degradação, respetivamente através das enzimas Raldh2 e Cyp26a1, leva a que a sua atividade sinalizadora ocorra de uma forma bastante específica quer em termos de dose, localização da sua atuação (tecido) ou quer em termos temporais. De facto, a alteração dos níveis de ácido retinóico durante o desenvolvimento embrionário pode ser letal ou dar origem a doenças congénitas (como por exemplo, spina bífida). Uma das etapas mais importantes na embriogénese dos vertebrados é a gastrulação. Durante esta, para que a formação dos três folhetos germinativos (que mais tarde irão dar origem a todos os tecidos e órgãos do organismo) possa ocorrer devidamente, é necessário um correto controlo da atividade sinalizadora mediada pelo ácido retinóico, que nesta fase do desenvolvimento é fundamentalmente fornecido por via materna (caso dos ratinhos), dado que alterações na sua degradação enzimática pelas Cyp26 podem resultar na morte do embrião. Tal ocorre uma vez que o ácido retinóico controla a expressão de Nodal (excesso de ácido retinóico provoca a indução ectópica de Nodal), proteína indispensável para que se dê o início da gastrulação através da formação da linha primitiva, decorrente da migração das células do epiblasto para a parte mais posterior do embrião7. Aparentemente a introdução de um transgene (T-streakCreERT) juntamente com o alelo repórter ROSA26R-β-gal em ratinhos mutantes para o gene Gdf11, produziu letalidade embrionária durante a gastrulação8. Após verificarmos que o efeito não era devido ao transgene por si próprio, mas sim possivelmente ao local onde este foi inserido no genoma de uma linha particular (#47), procurámos caracterizar molecularmente os embriões Gdf11-/-::T-streak-CreERT#47+/0 de forma a tentar encontrar a causa desta aparente letalidade. A alteração dos níveis de ácido retinóico observada nos embriões Gdf11-/- durante a transição entre a formação de tecidos do tronco e da cauda, fez-nos considerar a possibilidade de durante a gastrulação ocorrer uma alteração semelhante desses níveis, que combinada com possíveis efeitos do transgene pudesse resultar na morte dos referidos embriões. No entanto, as experiências realizadas não só não permitiram a identificação de qualquer problema durante a gastrulação, decorrente da mutação no gene Gdf11 e/ou do transgene T-streak-CreERT#47+/0, como demonstraram a correta formação da linha primitiva nos embriões Gdf11-/-::T-streak-CreERT#47+/0. Estudos adicionais mostraram ainda viabilidade dos embriões Gdf11-/-::T-streak-CreERT#47+/0 a E10.5. Uma possível explicação para este facto prende-se com a estratégia utilizada na genotipagem do alelo mutante de Gdf11, pois usava iniciadores desenhados para amplificar parte da cassete de neomicina (introduzida para criar a mutação nesse gene9) que também está presente no alelo repórter ROSA26-β-gal, que formava parte das experiências originais que levaram à nossa hipótese inicial. Assim sendo, é bastante provável que os erros cometidos na determinação do genótipo dos progenitores dos embriões Gdf11::ROSA26R-β-gal+/0::T-streakCreERT#47+/0, tenham levado a utilizar ratinhos Gdf11+/+ e não Gdf11+/- nos cruzamentos, criando a ilusão de uma ausência de embriões Gdf11-/- nestas ninhadas. De qualquer forma, relativamente à hipótese da alteração dos níveis de ácido retinóico nos mutantes Gdf11, foi possível concluir que aparentemente essa alteração não se verifica durante a gastrulação, uma vez que a expressão tanto de Cyp26a1, como de Nodal permaneceram sem alterações. Após a gastrulação, nos vertebrados, dá-se primeiro a formação da cabeça (na parte mais anterior do embrião) e depois por um processo de extensão axial, no sentido anterior para posterior, é formado o pescoço, a seguir o tronco e por último a cauda. Apesar do desenvolvimento destas estruturas ser progressivo e de depender dos progenitores axiais, parece que a forma como estas diferentes partes do corpo são criadas é diferente. Mutações nos genes T, Cdx e Wnt3a suportam esta teoria, segundo a qual a posição dos membros superiores e inferiores delimita os referidos blocos estruturais do embrião (cabeça/pescoço, tronco e cauda). Como referido anteriormente, o mecanismo segundo o qual ocorre a transição tronco-cauda já foi demonstrado pelo nosso laboratório, mas a transição entre a formação da cabeça e do tronco ainda permanece por esclarecer. Curiosamente a mutação da enzima Raldh2, que leva à inexistência de ácido retinóico nos tecidos neurais e na mesoderme, leva à morte do embrião após o desenvolvimento ser interrompido ao nível dos membros anteriores. Mas, se for administrado ácido retinóico até essa altura do desenvolvimento (~E8.25) o embrião é capaz de ultrapassar esse bloqueio e formar as seguintes estruturas (tronco e cauda). Esse facto fez-nos considerar a hipótese de que o ácido retinóico pode estar a controlar o mecanismo de transição entre a formação da cabeça e do tronco. Para identificar essa necessária mudança nos progenitores axiais, dependente do ácido retinóico, efetuámos uma análise transcriptómica comparativa a partir de ARN isolado das caudas de embriões “tipo selvagem” a E8.75/E9.0 (ou seja, onde a transição já foi efetuada e estão a ser criados os tecidos do tronco) e de embriões Raldh2-/- da mesma idade (nos quais esta transição encontra-se bloqueada). Após análise dos resultados presentes na RNA-seq, foi selecionado um grupo de genes candidatos com base na grandeza da expressão diferencial observada entre embriões tipo selvagem e Raldh2-/-, e tendo em conta a sua significância e função biológica. Vários genes desse grupo (exemplo: Wnt3a, Dkk1 e Cav1) estão associados à sinalização Wnt, cuja atividade canónica (via -catenina) parece estar diminuída na cauda dos embriões mutantes. Esta observação é bastante interessante, tendo em conta a comparação dos fenótipos dos embriões mutantes para Wnt3 (que apresentam ausência total de mesoderme), com o fenótipo dos embriões Wnt3a-/- (em que o desenvolvimento apenas ocorre de forma normal até ao nível do membro anterior), sugerindo que a atividade do ácido retinóico possa ser responsável por esta mudança na sinalização Wnt (de depender de Wnt3 e passar a depender de Wnt3a). Sendo que esta hipótese contrasta com a observação de que a expressão de Wnt3a parece estar aumentada na cauda dos mutantes, é possível que a existência de regulação diferencial dos vários componentes da sinalização Wnt nos embriões Raldh2-/- possa resultar na incapacidade dos progenitores de responder apropriadamente a Wnt3a, ocorrendo dessa forma a inibição da sinalização canónica de Wnt. Por esse motivo, através de hibridação in situ procurámos observar a expressão de alguns desses genes envolvidos na sinalização Wnt e complementámos esses estudos com uma abordagem de sobre-expressão através da utilização de transgénicos (onde o gene avaliado foi associado ao promotor de Cdx2 que expressa nos progenitores do eixo). Estudos similares foram também feitos com outros genes não associados à sinalização Wnt (Mesp1 e Fgf4). No entanto as nossas experiências não permitiram determinar o mecanismo inerente à mudança nos progenitores, necessária para que o embrião termine de criar tecidos da cabeça e inicie a produção de tecidos do tronco. Ainda sobre a forma como a atividade do ácido retinóico influência os progenitores axiais, através de hibridação in situ, confirmámos que na mesoderme pré-somítica, a área onde tanto T como Sox2 são expressos é menor nos embriões Raldh2-/-. Em experiências preliminares foi possível observar, através de imunofluorescência, a existência de células que expressam T e Sox2 (apesar de não ter sido possível contabilizá-las), indicando dessa forma a presença dos progenitores axiais nos embriões Raldh2-/-. Por último, surpreendentemente ao que está publicado, verificámos que em alguns embriões Raldh2-/- é possível observar umas pequenas protuberâncias onde Tbx5 (marcador da indução dos membros anteriores) encontra-se expresso mais tarde no desenvolvimento (do que aquilo que seria suposto) e em menor quantidade. Por isso, considerando o fenótipo decorrente da mutação de Cyp26a1 (onde ocorre uma transformação homeótica da vertebra cervical C5 para C6 e da C7 para uma vertebra torácica), é possível que o ácido retinóico seja crucial durante este período do desenvolvimento, definindo o tempo em que ocorre a transição entre a formação da cabeça (pescoço) e do tronco no embrião. Apesar desta hipótese necessitar de uma validação experimental, conectando a transição cabeça-tronco e a indução dos membros anteriores, todas as evidências apontam no sentido de que a atividade do ácido retinóico nos progenitores axiais é apenas necessária durante a transição cabeça-tronco (e não durante todo o processo de extensão axial) sendo depois restringida, pela Cyp26a1, a zonas mais anteriores do embrião.Retinoic acid (RA) is a signalling molecule, derived from vitamin A, necessary for proper vertebrate embryonic development. It acts in a tissue, time and dose specific manner, shaping the embryo through the regulation of several master transcription factors. Alterations in RA levels during embryonic development are known to cause several problems, including embryonic lethality. During gastrulation, the formation of the three germ layers requires balanced interaction between RA and Cyp26 molecules, which is crucial for Nodal expression7. Interestingly, in Mallo’s lab, embryos carrying a transgene (T-streakCreERT), the cre reporter allele ROSA26R-β-gal, and a total inactivation of Gdf11, seemed to die during this stage8. Considering the interaction between Gdf11 and Cyp26a1, we hypothesized that the transgene, together with Gdf11 might have affected RA signalling. However our experiments failed to find any indication of patterning problems that could justify the early lethality that was initially observed. Additional analyses indicate that the original phenotype might have resulted from incorrect genotyping of the parent lines. Also, we could conclude that despite what happens during the trunk to tail transition in Gdf11-/-, in these mutants RA signalling seems not to be affected during gastrulation. Embryos lacking RA (Raldh2-/-) become truncated at the forelimb level. Since Raldh2 mutant embryos exposed to acute RA treatments at E8.25 acquire trunk and tail structures we concluded that RA signalling controls the mechanism regulating the head to trunk transition. To understand this process we performed a comparative transcriptomic analysis between tails of Raldh2-/- and wild type embryos. So far, we could not elucidate the mechanism for this transition but our evidence suggests that it possibly involves Wnt signalling. Also our experiments, concomitantly with data regarding Cyp26a1, seem to indicate that RA activity in the axial progenitors is only necessary during this transition, thus setting the time at which it occurs

3D Thermo-hygro-mechanical approach for simulation of the cracking behaviour of a RC slab under the combined effects of applied loads and restrained shrinkage

The design of reinforced concrete (RC) structures that meet safety, functionality and aesthetic requirements during their lifespan, without unforeseen maintenance costs, depends on adequate design practices that allow engineers to properly control and predict crack widths on concrete. Even though there is a wide body of design codes and recommendations providing methodologies for reinforcement design on elements subjected to applied loads or imposed deformations, they do not provide unambiguous rules for RC structures under the combined effect of these actions, which is a typical situation in RC slabs applied in buildings. This is motivated by the lack of knowledge about the complex interactions that take place between self-imposed deformations, viscoelasticity and the effect of applied loads. This work intends to contribute for deepening the knowledge on this subject by performing a 3D thermo-hygro-mechanical analysis on a highly restrained slab in service load conditions, in which the temperature and moisture fields of the slab are determined in order to take into account the non-uniform distribution of stresses (in space and time) due to hydration and drying shrinkage. This analysis shows that the real restraint forces applied to the slab are in fact just a mere fraction of the those that would be expected in a hypothetical tie subjected to total restraint due to the loss of rigidity caused by crack development induced by a combination of flexural and self-induced stressesPortuguese Foundation for Science and Technology (FCT) to the Research Project IntegraCrete (PTDC/ECM-EST/1056/2014 -POCI-01-0145-FEDER-016841) as well to the Research Units ISISE (POCI-01-0145-FEDER-007633) and CONSTRUCT (POCI-01-0145-FEDER-0074

Proposal of a test set up for simultaneous application of axial restraint and vertical loads to slab-like specimens: sizing principles and application

Cracking control in reinforced concrete (RC) is a key factor to ensure proper service life behaviour. However, current design recommendations are unable to provide straightforward methodologies for crack width prediction in RC structures subjected to the combined effects of applied loads and restrained deformations, which is a common situation in civil engineering. This is motivated by the lack of knowledge about the complex interactions that take place between self-imposed deformations, viscoelasticity and the effects of applied loads in the process of crack development. A major challenge in studying these combined effects is the validation of numerical simulations with real scale experimental data. For that purpose, an experimental system for testing real scale RC slabs subjected to the above-mentioned conditions was developed. This system is capable of inducing a prescribed axial restraint to the slab, in correspondence to a high restraint degree that induces cracking in view of expectable shrinkage. At the same time, the setup enables the application of vertical loads. The experimental results obtained in this work allowed for the validation of the test setup, as well as the suitability of the slab geometry and reinforcement.This work was financially supported by: Project POCI-01-0145-FEDER-007457 (CONSTRUCT - Institute of R&D in Structures and Construction) and by project POCI-01- 0145-FEDER-007633 (ISISE), funded by FEDER funds through COMPETE2020 - Programa Operacional Competitividade e Internacionalização (POCI), and by national funds through FCT - Fundação para a Ciência e a Tecnologia. FCT and FEDER (COMPETE2020) are also acknowledged for the funding of the research project IntegraCrete PTDC/ECMEST/1056/2014 (POCI-01-0145-FEDER-016841). The financial support of COST Action TU1404 through its several networking instruments is also gratefully acknowledged.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Scientific evidence on disk hernia in elderly person / Evidências científicas sobre hérnia de disco na pessoa idosa

Objetivo: identificar as produções científicas sobre hérnia de disco na pessoa idosa. Método: protocolo de scoping review segundo o método do Joanna Briggs Institute com artigos das bases de dados CINAHL, Scopus, Cochrane, Web of Science, MEDLINE e ScienceDirect. Analisaram-se 10 artigos cujos critérios de inclusão foram investigações primárias e/ou secundárias, qualitativas e quantitativas escritos em inglês, português e espanhol, formando 3 categorias temáticas. O recorte do estudo foi delimitado a partir da observação na prática profissional dos pesquisadores sobre o aumento de casos de idosos com hérnia de disco. Resultados: a cirurgia representa constante indicação médica para o tratamento da hérnia de disco. Conclusão: a lombalgia decorrente da hérnia de disco é uma frequente causa de incapacidade nos adultos e idosos com protocolos cirúrgicos constantes, principalmente quando há compressão neural. No entanto, estudos mostram a possibilidade de regressão quando os pacientes são submetidos aos tratamentos conservadores.

Gestão da Doença Crónica: Revisão dos processos clínicos de utentes internados, com os Grupos de Diagnóstico Homogéneo (GDH) 96 e 97, no ano de 2012

Introdução: Em Portugal, assistimos cada vez mais ao aumento da despesa em saúde e da mortalidade relacionadas com a existência de doenças crónicas. A asma brônquica acarreta uma importância económica, pessoal e assistencial, surgindo neste contexto em quarto lugar na priorização das doenças a necessitar de uma ação estratégica: gestão da doença crónica. Objetivos: Identificar o número e tempo de internamento médio dos utentes com asma (GDH 96 e 97), em 2012, e comparar as atividades de Enfermagem registadas nos processos clínicos dos utentes com GDH 96 e 97, com as descrições de atividades de Enfermagem existentes no processo assistencial integrado da asma adotado pela Consejería de Salud da Andaluzia. Metodologia: Tipo de Estudo: Descritivo simples e retrospetivo. Amostra: Não probabilística por conveniência. Doze processos clínicos de utentes com mais de 17 anos que tenham estado internados, no hospital de referência, com o diagnóstico principal de asma, em 2012. Instrumento: Hétero-preenchimento de Checklist com observação estruturada. Procedimentos: Foi solicitado e autorizado o acesso aos processos clínicos. A confidencialidade, anonimato e utilização exclusiva dos dados para o estudo foi assegurada. Tratamento de Dados: Estatística descritiva (frequências e medidas de tendência central e de dispersão) com recurso ao SPSS. Resultados: Nos processos analisados de utentes internados no hospital de referência com GDH 96 e 97, em 2012, o número de internamentos mais comum é 1 (50% dos utentes) e a média de dias de internamento dos mesmos foi de 5,33 dias (desvio padrão de 3,34). Pudemos constatar também que a maior parte das normas preconizadas pela Consejería de Salud não foram implementadas (40,5%) e apenas 16,7% das normas foram encontradas nos processos como tendo sido realizadas. Conclusão: Muitas das intervenções realizadas pelos Enfermeiros não se encontraram registadas nos processos, concluindo desta forma que alguns itens apenas poderiam ser avaliados através da observação direta ou da verificação da presença de protocolos na instituição.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Accidental Falls Involving Elderly People: An Integrative Literature Review / Acidentes por Quedas em Pessoas Idosas: Um Estudo de Revisão

Objetivo: Identificar as produções científicas sobre acidentes por quedas em pessoas idosas no período entre 2012 a 2016. Método: Estudo descritivo, do tipo Revisão Integrativo de Literatura, com abordagem quantitativa. A amostra foi composta por 69 produções científicas referenciadas na Biblioteca Virtual em Saúde (SCIELO, LILACS e BDENF), selecionadas em 2017, a partir dos descritores “acidentes por quedas”, “idosos” e “envelhecimento”, conforme critérios de inclusão e exclusão estabelecidos. Como instrumento para coleta dos dados utilizou-se roteiro estruturado no sentido de extrair as principais variáveis dos artigos. Os dados coletados foram organizados em planilhas e submetidos à análise quantitativa por meio de estatística descritiva simples (frequência absoluta e percentual). Resultados: Encontrou-se maior quantitativo de publicações em 2012, nas bibliotecas virtuais SCIELO e LILACS, com uma linearidade decrescente ao longo dos anos. Mais de 50% dos artigos produzidos foram de responsabilidade de estudiosos da fisioterapia e da enfermagem; a Revista Brasileira de Geriatria e Gerontologia foi a que mais publicou sobre tais acidentes (n=12; 17,9%); houve predomínio de estudos da região sudeste e sul, que, juntas, totalizaram a maioria de publicações registradas no país (63,77%). O método de análise de dados quantitativo representou 94,20% (n=65) e o qualitativo foram 4,35% (n=3) dos estudos identificados. Conclusão: O olhar dos profissionais da saúde para a pesquisa e a publicação referente aos acidentes por quedas ainda são escassos, apesar de esses eventos acontecerem com frequência e serem sugestivos de um grave problema de saúde pública com tendência a morbi-mortalidade das pessoas idosas

Arbustus unedo essence: morphological and genetic characterization of the strawberry tree of Castelo de Paiva

O medronheiro é um arbusto da região mediterrânica que pode ser encontrada por todo o país. Ao contrário do que verifica na região sul do país, no concelho de Castelo de Paiva é atribuída uma reduzida importância económica a esta espécie. Com o intuito de preservar e potenciar a produção desta espécie e contribuir para a dinamização da economia do concelho, procedeu-se à caracterização morfológica e genética de uma amostra da população de medronheiros de Castelo de Paiva. A caracterização morfológica e genética foi realizada para um total de 10 genótipos. Para tal recolheram-se 70 folhas aleatoriamente em cada árvore. Em 40 folhas mediu-se o comprimento, largura, comprimento do pedúnculo, peso fresco, peso seco e determinou-se a área foliar. Dos caracteres morfológicos analisados, aqueles que se revelaram mais úteis na distinção dos vários genótipos foram: comprimento do pedúnculo, peso fresco e peso seco. As restantes 30 folhas foram utilizadas para a caracterização genética. Esta caracterização foi realizada recorrendo a um marcador de DNA, ISSR. Os 5 primeiros exemplaresutilizados na técnica de ISSR demonstraram-se polimórficos. Os resultados da caracterização genética sugerem que a variabilidade genética na população é média a alta.The strawberry tree is a shrub native in the Mediterranean region and it can be found throughout Portugal. Unlike the case in the southern region of the country, in Castelo de Paiva a minor economic importance is given to this species. In order to preserve, to enhance the production of this species and to contribute to the boosting of the economy of the region, we proceeded to the characterization of a small sample population of this fruit tree of Castelo de Paiva in what concerns to its morphology and genetics. The morphological and genetic characterization was performed for a total of 10 genotypes. For this, 70 leaves were randomly collected from each tree. For 40 leaves, it was measured the length, the width, the peduncle length, the wet weight, the dry weight and determined the leaf area. Of the morphological characteristics analyzed, the ones that proved most useful in distinguishing the various genotypes were: the length peduncle, the wet weight and the dry weight. The remaining 30 leaves were used in the genetic characterization. This characterization was performed using a DNA marker, the ISSR. The 5 primers used in the ISSR technique proved to be polymorphic. The results from the genetic characterization suggest that variability in population genetics is medium to high

Subtractive phage display selection from canine visceral leishmaniasis identifies novel epitopes that mimic leishmania infantum antigens with potential serodiagnosis applications

Visceral leishmaniasis (VL) is a zoonotic disease that is endemic to Brazil, where dogs are the main domestic parasite reservoirs, and the percentages of infected dogs living in regions where canine VL (CVL) is endemic have ranged from 10% to 62%. Despite technological advances, some problems have been reported with CVL serodiagnosis. The present study describes a sequential subtractive selection through phage display technology from polyclonal antibodies of negative and positive sera that resulted in the identification of potential bacteriophage-fused peptides that were highly sensitive and specific to antibodies of CVL. A negative selection was performed in which phage clones were adhered to purified IgGs from healthy and Trypanosoma cruzi-infected dogs to eliminate cross-reactive phages. The remaining supernatant nonadhered phages were submitted to positive selection against IgG from the blood serum of dogs that were infected with Leishmania infantum. Phage clones that adhered to purified IgGs from the CVL-infected serum samples were selected. Eighteen clones were identified and their reactivities tested by a phage enzyme-linked immunosorbent assay (phage-ELISA) against the serum samples from infected dogs (n 31) compared to those from vaccinated dogs (n 21), experimentally infected dogs with cross-reactive parasites (n 23), and healthy controls (n 17). Eight clones presented sensitivity, specificity, and positive and negative predictive values of 100%, and they showed no crossreactivity with T. cruzi- or Ehrlichia canis-infected dogs or with dogs vaccinated with two different commercial CVL vaccines in Brazil. Our study identified eight mimotopes of L. infantum antigens with 100% accuracy for CVL serodiagnosis. The use of these mimotopes by phage-ELISA proved to be an excellent assay that was reproducible, simple, fast, and inexpensive, and it can be applied in CVL-monitoring programsThis work was supported by grants from the Pró-Reitoria de Pesquisa of UFMG (supported 03/2013), the Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Nano-Biofarmacêutica (INCT Nano-Biofar), Rede Nanobiotec/Brasil-UFU (CAPES), PRONEX-FAPEMIG (APQ-01019- 09), FAPEMIG (APQ-00496-11 and APQ-00819-12), and CNPq (APQ- 472090/2011-9 and APQ-482976/2012-8). E.A.F.C. and L.R.G. are recipients of grants from CNPq. M.A.C.-F. is the recipient of a grant from FAPEMIG/CAPE

Risk factors for infection, predictors of severe disease, and antibody response to COVID-19 in patients with inflammatory rheumatic diseases in Portugal: a multicenter, nationwide study

Copyright © 2022 Cruz-Machado, Barreira, Bandeira, Veldhoen, Gomes, Serrano, Duarte, Rato, Miguel Fernandes, Garcia, Pinheiro, Bernardes, Madeira, Miguel, Torres, Bento Silva, Pestana, Almeida, Mazeda, Cunha Santos, Pinto, Sousa, Parente, Sequeira, Santos, Fonseca and Romão. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (CC BY). The use, distribution or reproduction in other forums is permitted, provided the original author(s) and the copyright owner(s) are credited and that the original publication in this journal is cited, in accordance with accepted academic practice. No use, distribution or reproduction is permitted which does not comply with these terms.Objective: To identify risk factors for SARS-CoV-2 infection and for severe/critical COVID-19, and to assess the humoral response after COVID-19 in these patients. Methods: Nationwide study of adult patients with inflammatory RMDs prospectively followed in the Rheumatic Diseases Portuguese Register-Reuma.pt-during the first 6 months of the pandemic. We compared patients with COVID-19 with those who did not develop the disease and patients with mild/moderate disease with those exhibiting severe/critical COVID-19. IgG antibodies against SARS-CoV-2 were measured ≥3 months after infection and results were compared with matched controls. Results: 162 cases of COVID-19 were registered in a total of 6,363 appointments. Patients treated with TNF inhibitors (TNFi; OR = 0.160, 95% CI 0.099-0.260, P < 0.001) and tocilizumab (OR 0.147, 95% CI 0.053-0.408, P < 0.001) had reduced odds of infection. Further, TNFi tended to be protective of severe and critical disease. Older age, major comorbidities, and rituximab were associated with an increased risk of infection and worse prognosis. Most patients with inflammatory RMDs (86.2%) developed a robust antibody response. Seroconversion was associated with symptomatic disease (OR 13.46, 95% CI 2.21-81.85, P = 0.005) and tended to be blunted by TNFi (OR 0.17, 95% CI 0.03-1.05; P = 0.057). Conclusions: TNFi and tocilizumab reduced the risk of infection by SARS-CoV-2. Treatment with TNFi also tended to reduce rates of severe disease and seroconversion. Older age, general comorbidities and rituximab were associated with increased risk for infection and worse prognosis, in line with previous reports. Most patients with RMDs developed a proper antibody response after COVID-19, particularly if they had symptomatic disease.We acknowledge the generous sharing of the expression constructs by Dr. Florian Krammer, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, USA [Development of SARS-CoV-2 reagents was partially supported by the NIAID Centers of Excellence for Influenza Research and Surveillance (CEIRS) contract HHSN272201400008C] and the protein production by Drs. Paula Alves and Rute Castro at Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica (iBET) Oeiras, Portugal as part of the Serology COVID consortium.info:eu-repo/semantics/publishedVersio